In Brood War si vedono i sopravvissuti di Aiur intenti a ricostruire la civiltà Protoss su Shakuras il pianeta d'esilio dei Dark Templar, sempre alle prese con gli Zerg e con una potente flotta, la UED, proveniente dalla Terra, ufficialmente inviata in missione per controllare cose è successo nel settore, e per riprenderne il controllo.
