THE BOURNE LEGACY

Jason Bourne ritorna incontrando prima un giornalista del Guardian, Simon Ross, a Londra, e poi Pamela Landy a New York. L'assistente di Noah Vosen contatta di nascosto un funzionario governativo, Turso, che in seguito riceverà la visita dello stesso direttore della CIA Ezra Kramer; dopodiché è lui a contattare il colonnello Byer, uno degli ideatori dell'aggiornamento di Treadstone e membro chiave del Comando Operazioni Speciali.

Dietro a BlackBriar, il programma ombrello, ci sono diversi programmi per creare agenti dormienti sul modello di Bourne e i suoi primi colleghi; tutti costoro sono militari addestrati dall'esercito ad agire nell'ombra e solo dopo assegnati alla CIA, tanto che Turso si lamenta con Ezra Kramer dicendogli: "Vi è stata data una Ferrari... e l'avete trattata come un tagliaerba!" Le rivelazioni della Landy alla stampa rischiano di scoperchiare una pentola più bollente di quanto la stessa Landy creda poiché diversi di questi agenti sono infiltrati in nazioni o gruppi apertamente ostili agli Stati Uniti, e la loro perdita rappresenterebbe un grosso passo indietro nello spionaggio. Byer è convinto che si debbano limitare i danni a ogni costo mentre Kramer è pronto a trascinarli tutti con sé nel caso in cui finisse male per lui.

Tra i diversi programmi, alcuni sfornano agenti geneticamente modificati, tenuti in riga e in forma grazie a due pillole, una per il corpo e una per la mente; in particolare, Aaron Cross del programma Outcome. Cross, durante le fasi iniziali dello scandalo Treadstone, è in Alaska a riaddestrarsi (l'effetto dovrebbe essere, nelle intenzioni dei suoi controllori, più psicologico che fisico) e in un avamposto di appoggio incontra un altro agente ivi confinato, in quanto si era innamorato.

Byer dà l'ordine e diversi agenti vengono eliminati con pillole simili a quelle usate; per Cross e il suo collega si ricorre a un missile sparato da un drone Predator; Aaron riesce a scampare all'attentato in cui muore il collega e riesce a rimuovere il segnalatore impiantato sotto la pelle per infilarlo nella bocca di un lupo. La distruzione del segnalatore e del lupo gli fa guadagnare tempo prezioso, ma il primo missile ha distrutto la scorta di pillole. Per Cross è un problema non da poco, poiché le pillole creano una piccola dipendenza, ma soprattutto potenziano facoltà fisiche e intellettuali, e il punteggio base di Cross all'epoca dell'ammissione al programma fu ritoccato per farlo entrare, nonostante fosse di poco inferiore al minimo necessario.

Intanto una situazione nuova si presenta: tra gli arrestati figura Albert Hirsch, mente e addestratore dei primi agenti Treadstone e dei loro successori; il dottore sta collaborando con i federali e quindi la CIA lo ha fatto avvelenare, ma un video pubblicato su YouTube ritrae Hirsch con altri colleghi tutti impiegati nelle diverse fasi di realizzazione e manutenzione del progetto; anche loro devono morire, inclusa Marta Shearing, ricercatrice che ha rinunciato alla possibilità di far carriera e pubblicare le sue scoperte per proseguire il suo lavoro. Tra gli agenti che vengono a farsi controllare periodicamente da lei vi è lo stesso Aaron Cross, che si dirige da lei per ottenere le pillole. Marta è appena sopravvissuta per caso alla strage il cui vero obiettivo era lei, effettuata da un collega forse condizionato o manipolato; quando agenti della CIA si presentano con il pretesto di un'inchiesta e poi tentano di "suicidarla", Cross irrompe nella casa e li uccide.

Ora i due sono in fuga; Marta Shearing è ricercata dalla squadra di Byer, ma Aaron Cross è ritenuto morto e il vantaggio è evidente. Quando si arriva alla questione delle pillole, Aaron viene a sapere che quelle per il corpo non sono più necessarie poiché il team di Shearing ha modificato alcuni agenti definitivamente iniettando loro banali virus con alcune modifiche create in laboratorio; questi virus si legano direttamente a uno dei cromosomi. Resta la questione delle qualità mentali, e per questo i due si recano nelle Filippine dove una fabbrica di medicinali nasconde un reparto dall'accesso riservato dove si producono i farmaci per gli agenti. Qui, piuttosto che rifornire Aaron di pillole, Marta applica lo stesso principio con un altro virus; perché la "cura" faccia effetto occorrono almeno 24 ore durante le quali Cross rimarrà in stato febbricitante e sarà inerme. Inoltre, all'arrivo all'aeroporto, Marta è stata riconosciuta dalle telecamere e Byer nel filmato ha identificato lo stesso Cross.

Negli Stati Uniti d'America comunque le cose non vanno molto bene: Vosen sta difendendo la sua posizione bene e la Landy rischia di finire sulla graticola come traditrice per aver fatto uscire informazioni riservate. Con Cross tornato in gioco, Byer fa attivare Larx, un agente uscito da un programma successivo, privo sia dei difetti di Treadstone sia di quelli di Outcome; Aaron e Marta riescono a malapena a fuggire e lui viene anche ferito; arrivati al porto, con Aaron indebolito dalla ferita, Marta riesce appena in tempo a spingere la moto di Larx contro un pilone, uccidendolo sul colpo e salvandosi per un pelo. Trasportati da una barca di pescatori, i due (che si stanno innamorando) si allontanano in attesa di fare la prossima mossa.